Nagsimula ito sa isang paglalakbay ng bapor sa pagitan ng Maynila at Laguna. Kabilang sa mga pasahero ang mag-aalahas na si Simoun, si Isagani, at si Basilio. Labintatlong taon na ang nakalipas mula nang mamatay si Elias at si Sisa.

Nakarating si Basilio sa San Diego at sa isang makasaysayang pagtatagpo ay nakita niya si Simoun na pagdalaw sa libingan ng kanyang ina sa loob ng libingan ng mga Ibarra. Nakilala niyang si Simoun ay si Ibarra na nagbabalatkayo; Upang maitago ang ganitong lihim, ay tinangka ni Simoun na patayin si Basilio. Nang hindi ito naituloy ay hinikayat niya ang binata na makiisa sa kanyang layuning maghiganti sa Pamahalaang Kastila. Si Basilio ay tumanggi dahil gusto niyang matapos ang kanyang pag-aaral.

Habang ang Kapitan Heneral ay nagliliwaliw sa Los Baños, ang mga estudyanteng Pilipino ay naghain ng isang kahilingan sa Kanya upang magtatag ng isang Akademya ng Wikang Kastila. Ang kahilingang ito ay di napagtibay sapagka’t napag-alamang ang mamamahala sa akademyang ito ay mga prayle. Sa gayon, sila’y di magkakaroon ng karapatang makapangyari sa anupamang pamalakad ng nasabing akademya.

Samantala, si Simuon ay nakipagkita kay Basilio at muling hinikayat ang binatang umanib sa binabalak niyang paghihimagsik at mangulo sa isang pulutong na sapilitang magbubukas sa kumbento ng Sta. Clara upang agawin si Maria Clara. Subali’t hindi naibunsod ang ganitong gawain dahil sa si Maria Clara’y namatay na nang hapong yaon.

Ang mga estudyante naman, upang makapaglubag ang kanilang sama ng loob ukol sa kabiguang natamo, ay nagdaos ng isang salu-salo sa Panciteria Macanista de Buen Gusto. Sa mga talumpating binigkas habang sila’y nagsisikain ay tahasang tinuligsa nila ang mga prayle. Ang pagtuligsang ito ay nalaman ng mga Prayle kaya ganito ang nangyari: Kinabukasan ay natagpuan na lamang sa mga pinto ng unibersidad ang mga paskin na ang nilalaman ay mga pagbabala, pagtuligsa, at paghihimagsik. Ang pagdidikit ng mga pasking ito ay ibinintang sa mga kasapi ng kapisanan ng mga estudyante. Dahil dito ay ipinadakip sila at naparamay si Basilio, bagay na ipinagdamdam nang malabis ni Juli na kanyang kasintahan.

Ang mga estudyanteng ito ay may mga kamag-anak na lumakad sa kanila upang mapawalang-sala sila, si Basilio ay naiwang nakakulong dahil wala siyang tagapagmagitan. Sa isang dako naman ay ipinamanhik ni Juli kay Pari Camorra na tulungan siya upang mapalaya nguni’t sa halip na makatulong ang paring ito ay siya pang nagging dahilan ng pagkamatay ni Juli, gawa ng pagkalundag nito sa durungawan ng kumbento.

Upang maisagawa ni Simoun ang kanyang balak na paghihiganti, ay nakipagsama siya sa negosyo kay Don Timoteo Pelaez, ang ama ni Juanito. Sa ganitong paraan ay nagawa niyang maipagkasundo ang kasal nina Juanito at Paulita Gomez. Ang magiging ninong sa kasal ay ang Kapitan Heneral. Naanyayahan din niya upang dumalo sa piging na idaraos, ang mga may matatas na katungkulan sa Pamahalaan at mga litaw na tao sa lunsod.

Pagkaraan ng dalawang buwang pagkapiit ay nakalaya rin si Basilio sa tulong ni Simoun. Kaagad siyang nagtungo kay Simoun upang umanib sa paghihimagsik. Sinamantala ni Simoun ang ganitong pagkakataon upang ipakita sa binata ang bomba na kanyang ginawa. Ito ay isang lampara na may hugis Granada at kasinalaki ng ulo ng tao. Ang magarang ilawang ito ay siya niyang handog sa mga ikakasal na sina Juanito at Paulita. Ipalalagay ni Simoun ang lamparang ito sa gitna ng isang kiyoskong kakanan na ipasasadya niya ang pagkakayari. Ang ilawan ay ay magbibigay ng isang maningning na liwanag at pagkaraan ng dalawampung minuto ay manlalabo. Kapag hinagad na itaas ang mitsa upang paliwanagin, ay puputok ang isang kapsulang fulminato de mercurio, ang Granada ay sasabog at kasabay nito ay ang pagkawasak at pagkatugnaw ng kiyoskong kakanan — at walang sinumang maliligtas sa mga naroroon. Sa isang dako naman, ay malakas na pagsabog ng dinamita sa lampara ay siyang magiging hudyat upang simulan ang paghihimagsik na pangungunahan ni Simoun.

Mag-iikapito pa lamang ng gabi ng araw ng kasal, at si Basilio ay palakad-lakad sa tapat ng bahay ng pinagdarausan ng handaan. Di-kawasa’y nanaog si Simoun upang lisanin niya ang bahay na yaong di malulutawan ng pagsabog. Ang nanlulumong si Basilio ay sisinod sana nguni’t namalas niyang dumatng si Isagani, ang naging katipan at iniirog ni Paulita. Pinagsabihan niya itong tumakas nguni’t di siya pinansin kaya’t napilitan si Basilio na ipagtapat kay Isagani ang lihim na pakana subali’t hindi rin napatinag ang binatang ito.

“Nanlalamlam ang lampara,” ang pansin na di mapalagay na Kapitan Heneral. “Utang na loob, ipakitaas ninyo, Pari Irene, ang mitsa.”

Kinuha ni Isagani ang lampara, tumakbo sa azotea at inihagis ito sa ilog. Sa gayon ay nawalan ng bisa ang pakana ni Simoun para sa isang paghihimagsik sa sandatahan. Tumakas sya sa bahay ni Pari Florentino, sa baybayin ng karagatang Pasipiko. Nang malapit nang mapagabot ng mga alagad ng batas ang mag-aalahas,

uminom siya ng lason upang huwag pahuli nang buhay. Ipinagtapat niya sa pari ang tunay niyang pagkatao at isinalaysay niya sa dito ang malungkot na kasaysayan ng kanyang buhay. Mula nang siya ay bumalik sa Pilipinas buhat sa Europa, labintatlong taon na ang nakalipas, ang pag-iibigan nila ni Maria Clara at pagbabalatkayo niya na mag-aalahas sa pakay na maiguho ang Pamahalaan at makipaghiganti sa pamamagitan ng isang paghihimagsik. Pagkatapos na mangungumpisal ay namatay si Simoun.

Sa nais na maiwaksi ang napakalaking kayamanang naiwan ng mag-aalahas, kayamanang naging kasangkapan nito sa pagtatanim ng mga bukto’t na Gawain ay itinapon ni Pari Florentino sa karagatan ang kahong asero na kinatataguan ng di-matatayang kayamanan ni Simoun.